Das Bundesministerium für Bildung und Forschung stellte ab 2006 für die Hochschulen 1,9 Mrd. Euro zur Verfügung, die im Rahmen der Exzellenzinitiative in einem mehrstufigen Wettbewerb vergeben wurden. Neben den Zukunftskonzepten zum Ausbau universitärer Spitzenforschung (»Elite-Unis«) werden auch Exzellenzcluster und Graduiertenschulen gefördert. Oft sind Fraunhofer-Institute an den erfolgreichen Vorschlägen ihrer Partner-Universitäten beteiligt:

• »Graduate School for Advanced Manufacturing Engineering der Uni Stuttgart«, Fraunhofer-Institut für  Produktionstechnik und Automatisierung IPA  und Fraunhofer-Institut für Arbeitswirtschaft und Organisation IAO
• »Bonn-Aachen International Graduate School for Applied Informatics«, Fraunhofer-Institut für Angewandte Informationstechnik FIT
• »Jena School for Microbial Communication«, Fraunhofer-Institut für Angewandte Optik und Feinmechanik  IOF

• »Integrative Production Technology for High-Wage Countries« der RWTH Aachen, Fraunhofer-Institut für Lasertechnik ILT und Fraunhofer-Institut für Produktionstechnologie IPT
• »Ultra High-Speed Mobile Information and Communication« der RWTH Aachen, Fraunhofer-Institut für Angewandte Informationstechnik FIT
  
• »Engineering of Advanced Materials – Hierarchical Structure Formation for Functional Devices« der Uni Erlangen-Nürnberg, Fraunhofer-Institut für Integrierte Systeme und Bauelementetechnologie IISB
• »Interdisciplinary Center for Integrative Neuroscience « (CIN) der Uni Tübingen, Fraunhofer-Institut für Produktionstechnologie IPA

»RWTH 2020: Meeting Global Challenges« der RWTH Aachen und den Fraunhofer-Instituten für Angewandte Informationstechnik FIT, Lasertechnik ILT, Molekularbiologie und Angewandte Oekologie IME, Produktionstechnologie IPT.