In den USA betreibt Fraunhofer bereits seit 1994 die Tochtergesellschaft Fraunhofer USA, Inc. Derzeit bestehen unter dem Dach von Fraunhofer USA sieben Forschungs- und Entwicklungseinheiten sowie weitere Einrichtungen.
In Chile hat Fraunhofer 2010 die Fundación Fraunhofer Chile Research eingerichtet. Erste Forschungs- und Entwicklungseinheit unter dem Dach der Stiftung ist das Fraunhofer Center for Systems Biotechnology.